Sóttvarnalæknir skipuleggur og samræmir sóttvarnir og bólusetningar á landsvísu, m.a. með útgáfu leiðbeininga um viðbragð við farsóttum. Þá sinnir sóttvarnalæknir sýkingavörnum og fylgist með notkun sýklalyfja sem valdið geta útbreiðslu ónæmra sýkla.