Fjársýslan sér um bókhald, fjárstýringu og uppgjör fyrir ríkissjóð, ráðuneyti og ríkisstofnanir. Þjónustan nær meðal annars til reikninga, innborgana, innheimtu, tekjubókhalds, greiðsluþjónustu og gerðar ríkisreiknings.