Barna- og fjölskyldustofa styður við þjónustu sem veitt er börnum og fjölskyldum á sveitastjórnarstiginu auk þess að vinna að innleiðingu á samþættingu þjónustu í þágu farsældar barna. Á grundvelli barnaverndarlaga hefur BOFS yfirumsjón með rekstri meðferðarheimila ríkisins, Barnahúss auk annarra úrræða sem styðja við vinnslu barnaverndarmála. Þá veitir BOFS barnaverndarþjónustum liðisinnis í fósturmálum með því að þjálfa, fræða og styðja við fósturforeldra. BOFS sinnir einnig ýmsum tilfallandi verkefnum í þágu velferðar barna.