Markmið Barna- og fjölskyldustofu er að vinna að velferð barna. Meginhlutverk stofnunarinnar er að veita og styðja við þjónustu í þágu barna og stuðla að gæðaþróun í samræmi við bestu þekkingu og reynslu á hverjum tíma. Barna- og fjölskyldustofa þjónar landinu öllu. Eftirfarandi úrræði eru í umsjón Barna- og fjölskyldustofa: Barnahús, meðferðarheimili, SÓK meðferð, MST fjölkerfameðferð og fóstur.