Almennar reglur gilda um frádrátt innskatts vegna kaupa á aðföngum til virðisaukaskattsskyldrar gistiþjónustu. Selji aðili skattskylda gistiþjónustu í blandaðri starfsemi getur hann nýtt sér innskatt í sama hlutfalli og sala skattskyldrar vöru og þjónustu (án virðisaukaskatts) er af heildarveltu ársins. Ef húsnæði er notað að hluta fyrir gistiþjónustu en að hluta til annarra nota þar sem engum frádráttarrétti er til að dreifa er heimilt að telja til innskatts virðisaukaskatt vegna aðkeyptrar vinnu við endurbætur, viðgerðir og viðhald að því leyti sem þessi vinna varðar beinlínis þann hluta húsnæðisins sem notaður er fyrir skattskyldan rekstur. Skilyrði er að seljandi vinnu eða þjónustu taki fram á sölureikningi sínum við hvaða hluta húsnæðisins hafi verið unnið. Ef slík vinna varðar ekki beinlínis ákveðinn hluta húsnæðisins er heimilt að reikna virðisaukaskatt til innskatts í sama hlutfalli og flatarmál þess hluta eignar sem notuð er vegna skattskyldrar starfsemi er af heildarflatar máli eignarinnar.
Sá sem rekur gistiþjónustu í heimahúsi getur ekki talið til innskatts virðisaukaskatt af aðföngum er varðar öflun eða rekstur íbúðarhúsnæðis nema að því er varðar sérgreindan hluta húsnæðisins þar sem starfsemin fer fram og einungis ef það er notað að öllu leyti fyrir starfsemina. Séu þau skilyrði ekki uppfyllt er ekki fyrir að fara innskattsrétti vegna húsnæðisins. Þrátt fyrir það er heimilt að telja til innskatts virðisaukaskatt af þeim aðföngum er sannarlega varða gistiþjónustu, s.s. vegna kaupa á rúmum, dýnum og sængurverum.
Ef aðili á engan innskattsrétt, eða einungis að hluta, getur hann sótt um endurgreiðslu á virðisaukaskatti vegna vinnu manna á byggingarstað við endurbætur eða viðhald á íbúðarhúsnæðinu. Ef atvinnuhúsnæði (til nota í gistiþjónustu) og íbúðar húsnæði er í sömu byggingu verður skipting í þessa tvo flokka húsnæðis að liggja fyrir á formlegan hátt með skráningu í fasteignaskrá Þjóðskrár Íslands ef telja á aðföng vegna húsnæðisins til innskatts. Liggi slík skráning fyrir er skráðum aðila heimilt að telja til innskatts virðisaukaskatt af byggingarframkvæmdum o.s.frv. við atvinnuhúsnæðið, enda noti hann það einungis fyrir skattskylda starfsemi sína og ekki á neinn hátt til íbúðar. Verði breyting á forsendum fyrir frádrætti innskatts vegna skattskyldrar starfsemi, t.d. ef aðili hættir virðisaukaskattsskyldri gististarfsemi, ber að leiðrétta áður fenginn innskatt af varanlegum rekstrarfjármunum eftir nánari reglum sem fram koma í reglugerð um innskatt.