Starfsemi Rannís skiptist í tvö fagsvið: Rannsókna- og nýsköpunarsvið og Mennta- og menningarsvið. Þvert á fagsviðin ganga Rekstrarsvið og Greiningar- og hugbúnaðarsvið með stuðningi við starfsemi þeirra.

Rannís heyrir undir menningar-, nýsköpunar- og háskólaráðuneytið og starfar á grundvelli laga um opinberan stuðning við vísindarannsóknir nr. 3/2003.