Skipulag Skattsins gerir ráð fyrir fimm kjarnasviðum sem eru

• Þjónustusvið

• Álagningarsvið

• Eftirlits- og rannsóknarsvið

• Innheimtu- og skráasvið

• Tollgæslusvið

Stoðsvið stofnunarinnar eru annars vegar Mannauður og fjármál, og hins vegar Upplýsingatækni, auk Skrifstofu ríkisskattstjóra.