Markmið frumvarpsins er m.a. að kveða á um að vernda vatn og vistkerfi þess, bæði yfirborðsvatn og grunnvatn til þess að vatn njóti heildstæðrar verndar. Verndinni er ætlað að koma í veg fyrir hnignun á ástandi vatnavistkerfa og jafnframt að vernda og bæta ástand þeirra. Jafnframt er frumvarpinu ætlað að stuðla að sjálfbærri nýtingu vatns og langtímavernd vatnsauðlindarinnar þannig að jafnvægi sé á milli vatnstöku og endurnýjunar. Frumvarpið miðar að því að tryggja langtímavernd vatnsauðlindarinnar með heildstæðum hætti og í því tilliti verði bæði horft til verndar og nýtingar auðlindarinnar. Frumvarpinu er ætlað að endurspegla sem best kjarna vatnatilskipunar og jafnframt að það mæli fyrir um skilvirka framkvæmd og samstarf stjórnvalda á sviði vatnamála þannig að markmið frumvarpsins náist. Frumvarpinu er ætlað að tryggja lágmarkskröfur sem vatnatilskipunin kveður á um en því er ekki ætlað að ganga lengra en kröfur mæla fyrir um.

Helstu breytingar sem frumvarpsdrögin fela í sér frá gildandi lögum eru ákvæði er lúta að umhverfismarkmiðum og málsmeðferð. Mikilvægt er að lög um stjórn vatnamála feli í sér skýrar málsmeðferðarreglur um heimildir og ákvarðanir stjórnvalda svo sem um veitingu leyfa fyrir framkvæmdum og starfsemi. Þá er skerpt á hlutverki Umhverfis- og orkustofnunar og lagðar til breytingar á hlutverki vatnaráðs. Einnig eru nokkrar breytingar varðandi endurskoðun vatnaáætlunar og efni aðgerðaráætlunar og vöktunaráætlunar.

Lög um stjórn vatnamála innleiða tilskipun Evrópuþingsins og -ráðsins (ESB) 2000/60 frá 23. október 2000 um aðgerðarramma Bandalagsins um stefnu í vatnsmálum, vatnatilskipunarinnar. Þörf hefur verið á að auka skýrleika laganna, svo sem til að tryggja málsmeðferðarreglur og heimildir stjórnvalda til ákvarðanatöku.

Umhverfis- og orkustofnun er ætlað að gegna miðlægu stjórnsýsluhlutverki við framkvæmd nýrra laga. Gert er ráð fyrir að stofnunin vinni tillögur að vatnáætlun og aðgerða- og vöktunaráætlun, sem eru stýritæki við framfylgd vatnsverndar. Stofnuninni er ætlað í þessari vinnu að eiga víðtækt samráð við ráðgjafarnefnd fagstofnana og eftirlitsaðila og samráðsvettvang hagaðila og félagasamtaka.