Meginefni frumvarpsins felur í sér nýtt heimildarákvæði í lögum um opinbera háskóla, fyrir tvo eða fleiri sjálfstæða háskóla, sem njóta viðurkenningar samkvæmt lögum um háskóla, til að sameinast undir merkjum háskólasamstæðu, sem lýtur sameiginlegri yfirstjórn.

Samkvæmt frumvarpinu skiptast háskólar sem tilheyra háskólasamstæðu í flaggskipsháskóla og aðildarháskóla. Flaggskipsháskóli leiðir háskólasamstæðu og rektor og háskólaráð þess háskóla fer með stjórn samstæðunnar og þeirra háskóla sem undir hana heyra. Þeir háskólar sem sameinast flaggskipsháskóla kallast aðildarháskólar og bera sama heiti og flaggskipsháskóli auk tilvísunar til staðsetningar eða hlutverks. Við stofnun háskólasamstæðu skulu að lágmarki 5.000 nemendur stunda nám við flaggskipsháskóla.

Þar sem frumvarpið felur í sér breytingu á rammalögum um opinbera háskóla er um almenna heimild að ræða, en tilefnið er sameining Háskóla Íslands og Háskólans á Hólum undir merkjum háskólasamstæðu Háskóla Íslands, sem flaggskipsháskóla og Háskóla Íslands á Hólum sem aðildarháskóla samstæðunnar. Frumvarpið geymir mikilvæg ákvæði sem taka sérstaklega á stöðu aðildarháskóla, til að tryggja ákveðið sjálfstæði þeirra innan háskólasamstæðunnar.

Auk heimildar um stofnun háskólasamstæðu er í frumvarpinu gert ráð fyrir því að háskólasamstæða verði talin upp meðal skipulagseininga háskóla. Þá felur frumvarpið í sér breytingu á skipan háskólaráðs háskóla með fleiri en 5.000 nemendur á þann veg, að annar af tveimur fulltrúm sem ráðherra tilnefnir í háskólaráð, skuli hafa þekkingu og reynslu af háskóla- og rannsóknarstarfi á landsbyggðinni.

Að lokum er í ákvæðum til bráðabirgða tekið sérstaklega á atriðum sem snúa að sameiningu Háskóla Íslands og Háskólans á Hólum undir merkjum háskólasamstæðu Háskóla Íslands, í tengslum við þá lagabreytingu sem frumvarpið byggir á.